¿Por qué Metabolon?
Datos espectrales brutos de metabolómica
La metabolómica es un campo que avanza con rapidez y proporciona valiosos conocimientos sobre la complejidad de los sistemas biológicos. El metaboloma, resultante del entorno y el genoma de un individuo, es la representación más fiel del fenotipo de un organismo. La metabolómica ha demostrado un gran potencial para comprender los procesos biológicos, avanzar en el desarrollo de fármacos, descubrir biomarcadores, investigar el medio ambiente y la medicina de precisión. Sin embargo, un reto importante de la metabolómica no dirigida sigue siendo la traducción exhaustiva de los datos brutos en la identificación (anotación) de los metabolitos necesarios para obtener conocimientos biológicos válidos.
Datos espectrales sin procesar
Los archivos de datos espectrales brutos son los datos iniciales generados durante un análisis metabolómico basado en la espectrometría de masas. Contienen abundante información sobre los metabolitos presentes en una muestra, incluida su estructura química, concentración e interacciones con otras moléculas. A pesar de contener miles de puntos de datos, extraer información significativa y biológicamente relevante puede resultar difícil, ya que el procesamiento y análisis de estos archivos requiere mucho tiempo y experiencia para garantizar la calidad. Además, el análisis del mismo conjunto de datos con distintas herramientas informáticas también puede arrojar resultados diferentes, lo que pone de relieve la falta de normalización en este campo aún incipiente.
En Metabolon, hemos aprovechado nuestros más de 20 años de experiencia en la realización de análisis metabolómicos para construir herramientas de software basadas en ML/AI de clase mundial para facilitar estos procesos de una manera robusta y escalable. Clientes del mundo académico, de la salud de la población, farmacéutico y biotecnológico nos envían sus muestras, y Metabolon proporciona un servicio integral desde la extracción de la muestra hasta la interpretación de los datos. Nos esforzamos por proporcionar servicios de metabolómica de la más alta calidad disponible para avanzar en su ciencia mediante la entrega de información procesable a partir de sus datos.
Como líder del mercado, nuestro repositorio de activos de datos ha alcanzado un nivel fundamental en el que estos recursos permiten la exploración y el descubrimiento de novo. Estas capacidades son esenciales para proporcionar una comprensión mecanicista en profundidad de una miríada de enfermedades, diagnósticos y desarrollo de fármacos. Este esfuerzo va más allá de nuestras iniciativas internas y abarca la colaboración con nuestros clientes, que buscan activamente soluciones innovadoras.
Recursos relacionados
Para obtener más información sobre los datos espectrales sin procesar de la metabolómica, consulte los siguientes recursos.
Guía de utilización de datos espectrales
La metabolómica utiliza datos espectrales brutos como principal fuente de información para identificar y cuantificar pequeñas moléculas (metabolitos) presentes en muestras biológicas.
Guía para subir datos Metabolon Metabolomic mzML Raw al repositorio MetaboLights
Lea esta guía para aprender a cargar los datos metabolómicos en bruto de Metabolon mzMl al repositorio MetaboLights.
Guía para cargar datos Metabolon Metabolomic mzML Raw en Metabolomics Workbench
Lea esta guía para aprender a cargar los datos metabolómicos en bruto de Metabolon mzMl a Metabolomics Workbench.
Preguntas frecuentes
Lea las preguntas más frecuentes para obtener más información sobre la entrega de datos espectrales de Metabolon.
¿En qué consisten los datos espectrales?
- Los datos espectrales proporcionan información sobre los iones generados y medidos a partir de las muestras de los clientes en la plataforma LC-MS de Metabolonpara los productos Global Discovery Panel .
- Los datos espectrales incluyen información de barrido del análisis MS1 y datos espectrales MS/MS (MS2) de los iones sometidos a análisis de fragmentación por espectrometría de masas en tándem.
- Los datos espectrales pueden procesarse para extraer los tiempos de retención, las relaciones masa-carga, las distribuciones isotópicas y las abundancias de los iones medidos a partir de muestras de clientes.
- Los datos de escaneado se proporcionan en formato MZML, un formato de archivo que es ingerible por las aplicaciones posteriores, incluidas muchas herramientas de código abierto diseñadas para trabajar con datos espectrales.
¿En qué se diferencia el entregable de datos espectrales de otros entregables, como la Tabla de Datos del Cliente (CDT), para el Global Discovery Panel de Metabolon?
- Los datos incluidos en la entrega de datos espectrales se generan a partir de la misma plataforma LC-MS y se someten al mismo proceso de control de calidad de la plataforma que los datos incluidos en nuestras otras entregas Global Discovery Panel .
- Mientras que otros entregables (no espectrales) Global Discovery Panel incluyen metabolitos con nombre (CDT), el entregable de datos espectrales simplemente proporciona información sobre los iones que se midieron a partir de las muestras del cliente.
- Para los entregables no espectrales Global Discovery Panel , Metabolon utiliza herramientas personalizadas para procesar los datos espectrales en metabolitos con nombre y abundancia. Estos entregables no espectrales Global Discovery Panel Panel también pueden utilizarse con la Plataforma Bioinformática Integrada. La Plataforma Bioinformática conecta estos metabolitos con la base de datos de metabolitos de Metabolony las herramientas que permiten a los investigadores aprovechar la amplia experiencia de Metabolonen bioquímica para avanzar en sus objetivos de investigación.
¿Necesito los datos espectrales para mi programa de investigación?
- Los datos espectrales no serán útiles para todo el mundo. La tabla de datos de clientes y la plataforma bioinformática integrada siguen siendo las formas más útiles de trabajar con los datos metabolómicos de Metabolon.
- Estos otros entregables y herramientas (no espectrales) impulsan los conocimientos biológicos al proporcionar abundancias de metabolitos con nombre que permiten a los clientes aprovechar los amplios conocimientos y experiencia bioquímicos de Metabolon.
- A algunos investigadores les puede gustar la información sobre las características de los iones en los datos espectrales para cumplir con los requisitos de datos brutos de su institución, revista o agencia de financiación. Otros investigadores pueden tener como objetivo utilizar los datos espectrales para extraer las características para obtener información adicional más allá de los entregados con los entregables de Metabolonque contienen metabolitos nombrados.
- Aunque se pueden utilizar muchas herramientas disponibles públicamente para trabajar con datos espectrales, es esencial tener en cuenta que el uso de estas herramientas para extraer datos en busca de conocimientos adicionales es una tarea bioinformática difícil que puede producir resultados engañosos si no se evalúan adecuadamente. Por esta razón, Metabolon ha pasado dos décadas ampliando nuestra biblioteca de identificaciones de Nivel 1, perfeccionando el software de anotación de metabolitos adaptado a nuestra plataforma, y desarrollando una Plataforma Bioinformática que proporciona conocimientos biológicos a partir de conjuntos de datos metabolómicos, y no respaldamos ninguna herramienta disponible públicamente que trabaje con datos espectrales.
- Por favor, lea a continuación para evaluar mejor su necesidad de la entrega de datos espectrales.
- Encontrará más información sobre cómo trabajar con datos espectrales en nuestra Guía de utilización de datos espectrales.
¿Qué productos Metabolon ofrecen la entrega de datos espectrales?
- El entregable de datos espectrales está disponible para su solicitud como entregable adicional con los productos Global Discovery Panel con contratos ejecutados a partir de 2024.
- Los datos espectrales no están disponibles para proyectos con contratos ejecutados antes de 2024.
¿Cómo trabaja la gente con datos espectrales en sus programas de investigación?
- Cada programa de investigación es único y tendrá su propia forma de trabajar con los datos espectrales. Algunos usos comunes son el reprocesamiento de datos, el control de calidad de datos, los cálculos de desviaciones estándar relativas (RSD) a partir de datos de réplicas técnicas y la extracción de características para nuevos descubrimientos.
- Tenga en cuenta que Metabolon ya ha aplicado rigurosos protocolos de QA y QC para informar de los datos de metabolitos con nombre incluidos en el otro Global Discovery Panel (Tabla de Datos de Clientes, Mapa de Calor y Pipeline Bioinformático Integrado).
- Existen varias herramientas de código abierto para trabajar con datos espectrales, como se describe en nuestra Guía de utilización de datos espectrales.
- Metabolon no utiliza ninguna de las herramientas descritas en la guía o en otros lugares.
¿Cuáles son los posibles retos a la hora de trabajar con datos espectrales?
- Trabajar con datos espectrales puede ser todo un reto. Los pasos del procesamiento de datos -desde la selección de picos y la extracción de características hasta la identificación y verificación de compuestos- están llenos de desafíos y trampas que pueden dar lugar a conjuntos de datos inexactos si no se aprovechan las herramientas y los conocimientos adecuados.
- Metabolon ha desarrollado herramientas personalizadas, utilizadas bajo rigurosos protocolos de QA y QC, que garantizan que cada uno de estos pasos conduzca a un conjunto de datos precisos. Por ese motivo, no utilizamos otras herramientas que se emplean habitualmente para trabajar con datos espectrales.
- Consulte la Guía de utilización de datos espectrales para obtener más información sobre las herramientas disponibles para trabajar con datos espectrales.
¿Cómo recibo los datos espectrales?
- Para los contratos que incluyan el entregable opcional de datos espectrales, el entregable estará disponible para su descarga en el Portal del Cliente en el momento de la entrega de los demás entregables del proyecto.
- Los datos espectrales permanecerán disponibles en el Portal del Cliente durante un año tras la entrega del proyecto; pasado ese tiempo, pasarán a "almacenamiento en frío" y podrán recuperarse previo pago de una tasa administrativa.
- Tenga en cuenta que los datos espectrales entregables pueden tener un gran volumen de datos (hasta 100 GB) y pueden requerir adaptaciones especiales que requieren planificación con el apoyo de su equipo de TI.
- El Portal del Cliente contendrá información sobre el volumen de datos espectrales de su proyecto para que pueda planificar en consecuencia la descarga y el trabajo con los datos.
¿Cómo incluyo los datos espectrales en mi proyecto? Cuál es el precio de los datos espectrales?
- A partir de 2024, los datos espectrales podrán añadirse a los contratos de productos Global Discovery Panel como producto adicional sin coste adicional.
- Si el contrato original del proyecto se ejecutó en 2024 (o después), pero los datos espectrales no se añadieron como entregables en el contrato original, los clientes pueden obtener los datos espectrales entregables mediante una orden de cambio.
- Fueron necesarios cambios en los procesos y la infraestructura para que Metabolon pudiera proporcionar los datos espectrales. Los datos espectrales no están disponibles para proyectos con contratos ejecutados antes de 2024.
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