Pourquoi Metabolon?
Données spectrales brutes de la métabolomique
La métabolomique est un domaine qui progresse rapidement et qui fournit des informations précieuses sur la complexité des systèmes biologiques. Le métabolome, qui résulte de l'environnement et du génome d'un individu, est la représentation la plus proche du phénotype d'un organisme. La métabolomique a montré un grand potentiel dans la compréhension des processus biologiques, le développement de médicaments, la découverte de biomarqueurs, la recherche environnementale et la médecine de précision. Cependant, un défi important de la métabolomique non ciblée reste la traduction complète des données brutes en identification (annotation) des métabolites nécessaires pour obtenir des informations biologiques valables.
Des informations à partir de données spectrales brutes
Les fichiers de données spectrales brutes sont les données initiales générées au cours d'une analyse métabolomique basée sur la spectrométrie de masse. Ils contiennent une multitude d'informations sur les métabolites présents dans un échantillon, notamment leur structure chimique, leur concentration et leurs interactions avec d'autres molécules. Bien qu'ils contiennent des milliers de points de données, l'extraction d'informations significatives et biologiquement pertinentes peut s'avérer difficile, car le traitement et l'analyse de ces fichiers prennent beaucoup de temps et nécessitent de l'expérience pour garantir la qualité. En outre, l'analyse d'un même ensemble de données avec différents outils logiciels peut également donner des résultats différents, ce qui met en évidence le manque de normalisation dans ce domaine encore naissant.
Chez Metabolon, nous avons mis à profit notre expérience de plus de 20 ans dans la réalisation d'analyses métabolomiques pour créer des outils logiciels de classe mondiale basés sur la ML/AI afin de faciliter ces processus d'une manière robuste et évolutive. Des clients issus du monde universitaire, de la santé publique, de l'industrie pharmaceutique et de la biotechnologie nous envoient leurs échantillons, et Metabolon leur fournit un service de bout en bout, de l'extraction de l'échantillon à l'interprétation des données. Nous nous efforçons de fournir des services de métabolomique de la plus haute qualité possible afin de faire progresser votre science en fournissant des informations exploitables à partir de vos données.
En tant que leader du marché, notre dépôt de données a atteint un niveau pivot où ces ressources permettent l'exploration et la découverte de novo. Ces capacités font partie intégrante d'une compréhension mécaniste approfondie d'une myriade de maladies, de diagnostics et de développements de médicaments. Cet effort va au-delà de nos initiatives internes et englobe des efforts de collaboration avec nos clients qui sont activement à la recherche de solutions innovantes.
Ressources connexes
Pour en savoir plus sur les données spectrales brutes de la métabolomique, consultez nos ressources ci-dessous.
Guide d'utilisation des données spectrales
La métabolomique utilise les données spectrales brutes comme principale source d'information pour identifier et quantifier les petites molécules (métabolites) présentes dans les échantillons biologiques.
Guide pour le téléchargement des données brutes mzML de Metabolon Metabolomic dans le référentiel MetaboLights
Lisez ce guide pour apprendre à télécharger les données métabolomiques brutes mzMl de Metabolon dans le référentiel MetaboLights.
Guide pour le téléchargement des données brutes mzML de Metabolon Metabolomic vers Metabolomics Workbench
Lisez ce guide pour apprendre à télécharger les données métabolomiques brutes mzMl de Metabolon vers Metabolomics Workbench.
Questions fréquemment posées
Veuillez lire les questions fréquemment posées pour plus d'informations sur les données spectrales fournies par Metabolon.
Quels sont les résultats attendus des données spectrales ?
- Les données spectrales livrables fournissent des informations sur les ions générés et mesurés à partir des échantillons des clients sur la plateforme LC-MS de Metabolonpour les produits du Global Discovery Panel
- Les données spectrales livrables comprennent les informations de balayage de l'analyse MS1 et les données spectrales MS/MS (MS2) pour les ions qui ont fait l'objet d'une analyse de fragmentation par spectrométrie de masse en tandem.
- Les données spectrales peuvent être traitées pour extraire les temps de rétention, les rapports masse/charge, les distributions isotopiques et les abondances des ions mesurés à partir des échantillons des clients.
- Les données de balayage sont fournies au format MZML, un format de fichier qui peut être ingéré par des applications en aval, y compris de nombreux outils open-source conçus pour travailler avec des données spectrales.
En quoi le produit livrable des données spectrales diffère-t-il des autres produits livrables, tels que le tableau de données du client (CDT), pour le Global Discovery Panel Metabolon?
- Les données incluses dans les données spectrales sont générées à partir de la même plateforme LC-MS et sont soumises au même processus de contrôle qualité que les données incluses dans les autres produits livrables de notre Global Discovery Panel .
- Alors que d'autres produits livrables (non spectraux) Global Discovery Panel comprennent des métabolites nommés (CDT), les données spectrales livrables fournissent simplement des informations sur les ions qui ont été mesurés à partir des échantillons du client.
- Pour les produits livrables non spectraux Global Discovery Panel , Metabolon utilise des outils personnalisés pour traiter les données spectrales et les transformer en métabolites nommés avec leur abondance. Ces produits livrables non spectraux Global Discovery Panel peuvent également être utilisés avec la plate-forme bioinformatique intégrée. La plateforme bioinformatique relie ces métabolites nommés à la base de données personnalisée de Metabolonsur les métabolites et aux outils qui permettent aux chercheurs de tirer parti de la vaste expérience de Metabolonen matière de biochimie pour faire avancer les objectifs de la recherche.
Ai-je besoin des données spectrales pour mon programme de recherche ?
- Les données spectrales ne seront pas utiles à tout le monde. La Table de données du client et la Plate-forme bioinformatique intégrée restent les moyens les plus utiles pour travailler avec les données métabolomiques de Metabolon.
- Ces autres produits et outils (non spectraux) permettent d'obtenir des informations biologiques en fournissant des abondances de métabolites nommés qui permettent aux clients de tirer parti des connaissances et de l'expérience biochimiques approfondies de Metabolon.
- Certains chercheurs peuvent apprécier les informations sur les caractéristiques des ions dans les données spectrales livrables pour répondre à une exigence de données brutes pour leur institution, leur journal ou leur organisme de financement. D'autres chercheurs peuvent vouloir utiliser les données spectrales pour exploiter les caractéristiques afin d'obtenir des informations supplémentaires par rapport à celles fournies par Metabolonqui contiennent des métabolites nommés.
- Bien que de nombreux outils accessibles au public puissent être utilisés pour travailler avec des données spectrales, il est essentiel de noter que l'utilisation de ces outils pour exploiter les données afin d'obtenir des informations supplémentaires est une entreprise bioinformatique difficile qui peut donner des résultats trompeurs s'ils ne sont pas évalués de manière appropriée. C'est la raison pour laquelle Metabolon a passé deux décennies à enrichir sa bibliothèque d'identifications de niveau 1, à affiner le logiciel d'annotation des métabolites adapté à sa plateforme et à développer une plateforme bioinformatique qui fournit des informations biologiques à partir d'ensembles de données métabolomiques, et nous n'approuvons aucun outil accessible au public qui travaille avec des données spectrales.
- Veuillez lire ce qui suit pour mieux évaluer votre besoin de données spectrales.
- Des informations supplémentaires sur l'utilisation des données spectrales sont disponibles dans notre Guide d'utilisation des données spectrales.
Quels sont les produits Metabolon qui permettent d'obtenir des données spectrales ?
- Les données spectrales sont disponibles sur demande en tant que livrable supplémentaire avec les produits du Global Discovery Panel pour les contrats exécutés en 2024 et au-delà.
- Les données spectrales ne sont pas disponibles pour les projets dont les contrats ont été exécutés avant 2024.
Comment les gens travaillent-ils avec des données spectrales dans leurs programmes de recherche ?
- Chaque programme de recherche est unique et a sa propre façon de travailler avec les données spectrales. Parmi les utilisations courantes, citons le retraitement des données, le contrôle qualité des données, le calcul des écarts types relatifs (RSD) à partir de données techniques répliquées et l'exploitation des caractéristiques pour de nouvelles découvertes.
- Il est à noter que Metabolon a déjà appliqué des protocoles rigoureux d'AQ et de CQ pour rapporter les données sur les métabolites nommés incluses dans l'autre Global Discovery Panel (tableau de données du client, carte thermique et pipeline bioinformatique intégré).
- Plusieurs outils libres sont disponibles pour travailler avec les données spectrales, comme décrit dans notre Guide d'utilisation des données spectrales.
- Metabolon n'utilise aucun des outils décrits dans le guide ou ailleurs.
Quels sont les défis potentiels liés à l'utilisation de données spectrales ?
- Travailler avec des données spectrales peut s'avérer très difficile. Les étapes du traitement des données - de la sélection des pics et de l'extraction des caractéristiques à l'identification et à la vérification des composés - sont toutes pleines de défis et d'embûches qui peuvent aboutir à des ensembles de données inexacts si l'on n'utilise pas les outils et l'expertise appropriés.
- Metabolon a développé des outils personnalisés, utilisés dans le cadre de protocoles rigoureux d'AQ et de CQ, qui garantissent que chacune de ces étapes aboutit à un ensemble de données exactes. C'est pourquoi nous n'utilisons pas d'autres outils couramment utilisés pour travailler avec des données spectrales.
- Voir le Guide d'utilisation des données spectrales pour plus d'informations sur les outils disponibles pour travailler avec les données spectrales.
Comment puis-je recevoir les données spectrales ?
- Pour les contrats qui incluent les données spectrales optionnelles, celles-ci seront disponibles pour téléchargement dans le portail du client au moment de la livraison des autres produits livrables du projet.
- Les données spectrales resteront disponibles dans le portail du client pendant un an après la livraison du projet ; après cette période, elles seront stockées dans une "chambre froide" et pourront être récupérées moyennant des frais administratifs.
- Notez que les données spectrales livrables peuvent avoir un volume de données important (jusqu'à 100 Go) et peuvent nécessiter des adaptations spéciales qui doivent être planifiées avec l'aide de votre équipe informatique.
- Le portail client contiendra des informations sur le volume de données spectrales pour votre projet afin que vous puissiez planifier en conséquence le téléchargement et le traitement des données.
Comment puis-je inclure les données spectrales dans mon projet ? Quel est le prix du produit livrable des données spectrales ?
- À partir de 2024, les données spectrales pourront être ajoutées aux contrats portant sur les produits du Global Discovery Panel en tant que prestation supplémentaire, sans frais supplémentaires.
- Si le contrat initial du projet a été exécuté en 2024 (ou après), mais que les données spectrales n'ont pas été ajoutées en tant que produit livrable dans le contrat initial, les clients peuvent obtenir le produit livrable des données spectrales par le biais d'un ordre de modification.
- Des modifications des processus et de l'infrastructure ont été nécessaires pour permettre à Metabolon de fournir les données spectrales. Les données spectrales ne sont pas disponibles pour les projets dont les contrats ont été exécutés avant 2024.
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